湖州会馆始建于1900年，由浙江湖州人集资兴建，占地约1.3万平方米。在上海工人第三次武装起义前，湖州会馆为北洋军阀盘踞。1927年3至4月,这里成为了上海工人第三次武装起义指挥部和上海总工会总会所。湖州会馆的大部分建筑已在1932年“一•二八”事变中毁于日军炮火。

1927年3月21日，上海工人第三次武装起义爆发。3月23日，工人纠察队攻克了湖州会馆后，上海总工会即以会馆作为工会会所，并于3月24日正式公开办公。3月25日，赵世炎以工人纠察队指挥的名义,在会馆召开记者招待会。3月27日，上海工人代表大会在会馆召开，汪寿华向大会报告了第三次武装起义的情况和上海总工会今后的工作。3月29日，在中国共产党推动下，建立起上海特别市临时市政府，其中有罗亦农等共产党员和共青团员10人。这是在党的领导下，最早由民众在大城市建立起来的革命政权。

湖州会馆—上海总工会遗址、上海工人第三次武装起义指挥部遗址是“上海百年红色工运资源发掘宣传工程”的重点工程之一，在上海市总工会、中共静安区委的领导下，2020年，静安区总工会、宝山路街道党工委共同启动对遗址重新布展工作，本着“尊重历史、还原历史”的原则，修缮制作了湖州会馆门头、室内空间，收集整理了相关历史资料，通过多媒体展陈和12幅铜版画展示历史场景。2021年重新开放，献礼中国共产党成立100周年。